Os cursos de 2º Ciclo em Engenharia do Ambiente, Engenharia Cerâmica e do Vidro, Engenharia Física, Engenharia Geológica, e Engenharia de Materiais, bem como em Biologia Marinha, Microbiologia, Ecologia Biodiversidade e Gestão de Ecossistemas, Toxicologia e Ecotoxicologia, Bioquímica e Química dos Alimentos, Química Analítica e Controlo de Qualidade, e Ciências do Mar e das Zonas Costeiras têm candidaturas abertas até 20 de Julho.
A estes cursos de 2º ciclo corresponde uma matriz curricular de 120 ECTS (2 anos lectivos), podendo a eles candidatar-se os licenciados em área considerada afim aos cursos que vão funcionar.
No ano lectivo 2006/2007 vão igualmente funcionar os Mestrados Integrados em Engenharia Mecânica, Engenharia Química, Engenharia Electrónica e Telecomunicações e Engenharia de Computadores e Telemática. A estes cursos corresponde uma matriz curricular de 300 ECTS (5 anos lectivos). Contudo, para este ano lectivo, podem candidatar-se os licenciados em área de Engenharia afim a cada um dos cursos, que pretendam obter o grau de Mestre. Importa salientar que a formação obtida pelos candidatos na Licenciatura será creditável, desde que em área específica adequada.
O mestrado integrado em Engenharia Civil admitirá apenas candidatos que iniciem o seu percurso no 1º ciclo, não estando, por isso, este ano lectivo, aberto a candidatos licenciados.